Prova a mettere il valore di src del file js tra apici singoli e non doppi, così:

codice:
<?php 

echo ("<!DOCTYPE HTML PUBLIC '-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN'> 

<html> 
<head> 
<script language='JavaScript' type='text/JavaScript' src='data.js'></script> 
<LINK href='principal2.css' type='text/css' rel='stylesheet'> 
</head> 
<body style='background-image:url(ult2.jpg);background-repeat: no-repeat;'> 
Ciao a tutti</body></html>"; 
?>