Se hai già Visual Studio .NET (2003) allora sviluppare per Pocket PC è molto semplice, in quanto hai già tutto quello che ti occorre. Tra i vari progetti che puoi creare dovresti anche vedere progetti di tipo Smart Device Application.
La programmazione su Compact Framework è molto molto simile a quella del Framework su Windows, anche se naturalmente il numero di classi è un po' limitato attualmente.

Un ottimo sito di riferimento sull'argomento è www.opennetcf.org

HTH