non c'è bisogno di cancellare la sezione relativa al vecchio kernel, meglio mantenerla per un po' di tempo.
ora non ho un linux sotto mano, ma se ricordo bene in menu.lst nelle prime righe dovrebbe esserci qualcosa come

default: x
dove x è il numero della sezione predefinita da avviare dopo y secondi. Se ricordo bene la numerazione inizia da 0