Una delle controindicazioni principali degli iframe e dei frame sta nel fatto che un motore di ricerca (ad esempio google) visualizza fra i risultati di una ricerca una pagina del tuo sito, l'utente quando aprirà la pagina vedrà solo il contenuto dell'iframe e non quello che c'è intorno.
Ad esempio se hai un menu di navigazione fuori dall'iframe non può visualizzarlo perchè la pagina caricata è solo quella nell'iframe.