Vediamo se riesco ad esser più chiaro, ho questo array nel file dati.php
codice:
<?php
$dati =
  array(
    "time" =>
    array(
      "contatore" => 1
     )
    ); 
?>
adesso facciamo finta che devo fare un contatore, fammi l'esempio di un file contatore.php dove legge il valore di 'contatore', lo incrementa di uno e riscrive il nuovo dati.php
codice:
<?php
$dati =
  array(
    "time" =>
    array(
      "contatore" => 2
     )
    ); 
?>
forse così è un po più chiaro