La domanda contiene errori concettuali, che devi correggere, altrimenti non si puo` dare una risposta.

Ho una finestra che chiamo "A" che apre un popup "B". All'interno del popup "B" c'è una pagina HTML generata da codice php. Alla fine del caricamento della pagina / alla pressione di un link o bottone / qualcosa altro di tale pagina vorrei fare, sempre da "B", un reload di "A". E poi vorrei anche chiudere "B".

Il codice JS da inserire e`

window.opener.reload();
self.close();

Il posto dove inserirlo dipende da cosa scrivi al posto del secondo tratto in grassetto qui sopra.