Il menù, è un filmato esterno e lo carichi con il metodo loadMovie o è un movieclip?
Per poter modificare le dimensioni del filmato, devi utilizzare una funzione javascript ma, credo, ne risenta il filmato in fatto di scalatura.
Però non capisco bene perché devi tenere tutto in unico filmato: se tu hai bisogno di avere un filmato più piccolo per il menù, vuole dire che la parte restante viene riempita da altro che non riguarda flash... magari del contenuto in html!
Forse, la soluzione migliore, in questo caso è avere due filmati distinti e due pagine distinte.