Ciao; allora per quanto riguarda il fatto di far diventare i .class un jar, è ovvio; nel senso che potresti anche non farlo ma perchè dare diverse migliaia di piccoli files .class quando puoi racchiudere tutto in un .jar?
Puoi anche trasformare il .jar ( o.class ) in un .exe ma così vai a perdere la portabilità ( il .exe funziona solo su winzozz ); tra l'altro tieni presente che il trasformare il .jar in .exe non esclude che un tuo eventuale cliente cui darai il sw da te creato debba avere il JRE per poter utilizzare il software da te creato.
Ciao