Ok vi posto tutto il codice:

<head>
//script per aprire la popup al centro della pagina
<script language="Javascript">
<!--
function apriFinestra1(page)
{
NewWindow(page,"nomefinestra1",\'340\',\'720\');
}

function NewWindow(mypage, myname, h, w)
{
var winl = ((screen.width - w) / 2);
var wint = ((screen.height - h) / 2);
winprops = "height="+h+",width="+w+",top="+wint+",left="+winl +",scrollbars=no,toolbar=no";
var win = window.open(mypage, myname, winprops)

if (parseInt(navigator.appVersion) >= 4)
{
win.window.focus();
}
}
//-->
</script>

//script per far funzionare la htmlArea
<script language="Javascript">
<!--
_editor_url = "htmlarea/";
var win_ie_ver = parseFloat(navigator.appVersion.split("MSIE")[1]);
if (navigator.userAgent.indexOf(\'Mac\') >= 0) {
win_ie_ver = 0;
}
if (navigator.userAgent.indexOf(\'Windows CE\') >= 0) {
win_ie_ver = 0;
}
if (navigator.userAgent.indexOf(\'Opera\') >= 0) {
win_ie_ver = 0;
}
if (win_ie_ver >= 5.5) {
document.write(\'<scr\' + \'ipt src="\' +_editor_url+ \'editor.js"\');
document.write(\' language="Javascript"></scr\' + \'ipt>\');
}
else {
document.write(\'<scr\'+\'ipt>function editor_generate() { return false; }</scr\'+\'ipt>\'); }
// -->
</script>

<script language="JavaScript" defer>
<!--
var config = new Object();

config.width = "100%";
config.height = "200px";
config.bodyStyle = \'background-color: "#C0C0C0"; font-family: "Arial"; font-size: x-small;\';

editor_generate(\'mytextarea\',config);
//-->
</script>
</head>

....
//textarea
<textarea name="mytextarea">
//codice che chiama la popup dalla htmlArea

LinkPopup
</textarea>

Quindi prima di mettere la htmlArea, il link alla popup funzionava.
Adesso no.

Spero di aver messo tutto, altrimenti fatemi sapere

Grazie