I files risiedono in realtà su una usb-pen. Per evitare problemi ho reso disponibile l'accesso a tutti gli utenti, in lettura e scrittura (dico in Windows).
Continuo a credere invece che il problema risieda nella configurazione del file di Apache. Probabilmente è qui che setto male i permessi.

Nel files httpd.conf ho aggiunto una directory virtuale in questo modo

Alias /mytemp/ "G:/cartella_esterna/"

<Location /mytemp>
SetHandler perl-script
PerlHandler Apache::Registry
Options ExecCGI
</Location>

Il percorso della cartella in cui metto gli script è "G:/cartella_esterna/cgi-bin"

Funzionano tutti gli script, tranne quelli che leggono i files...

Potrei risolvere il problema lavorando direttamente nella directory cgi principale di Apache, ma poiché salto da un computer all'altro ho una certa necessità di mantenere i dati su un supporto mobile.