Che io sappia non è possibile leggere una specifica riga o scrivere in una specifica riga. Le API di Java consentono la lettura e la scrittura dei file di testo in modo sequenziale (come la maggior parte dei linguaggi fa).
Se si tratta di un file organizzato Random (con record), allora dovrebbe essere possibile posizionare il puntatore nel blocco record desiderato, ma con i file testuali credo non sia proprio possibile.
In ogni caso, le API di Java per la manipolazione dei file sono nel package java.io e, alcune di esse, le più usate, sono le seguenti:

Per l'INPUT: FileInputStream, DataInputStream, BufferedReader, ObjectInputStream
Per l'OUTPUT: FileOutputStream, DataOutputStream, PrintStream, ObjectOutputStream

Per maggiori informazioni puoi dare un'occhio alla documentazione; questo è il link per il package java.io: http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/...e-summary.html

Ciao.