nelle varie directory rcX.d, che rappresentano appunto i runlevel, puoi collocare link ai servizi contenuti invece in /etc/init.d (solitamente)
se vuoi ad esempio che il servizio ftpd parta al runlevel 3, crei in /etc/rc3.d un symlink S20ftpd -> /etc/init.d/ftpd, se vuoi invece che venga stoppato lo chiamerai K20ftpd.
il numero subito dopo la S/K (il 20 nell'esempio) sta ad indicare la priorità del comando rispetto agli altri symlink della directory; verranno eseguiti ovviamente in ordine crescente.