Ciao, dunque per il protocollo ne puoi inventarne uno tuo, questo significa però programmare completamente il PLC, anche la parte di comunicazione con il pc che in genere è gia fatta.

Per la programmazione del PLC ti consiglio "First Isagraf" e come linguaggio utilizza l'SFC,(è molto intuitivo per chi sa programmare).
Di firstIsaGraf ho una versione veramente vecchia,(3.3), che non è il massimo, ma ho visto l'ultima e mi sembra che sia migliorato moltissimo.
Dopo che hai scritto il programma lo devi compilare con il compilatore relativo al PLC in tuo possesso.

Il problema maggiore credo sia di "uscire" da windows. Infatti il SO blocca l'accesso diretto all' RS232. Prova a cercare degli activex che "raggirano" windows.(Ho avuto lo stesso problema per utilizzare la parallela per programmare un robottino ed ho risolto come indicato).

Saluti.