Ho lavorato su un sito in asp.net. Ho trovato alcune difficoltà all'inizio con pagine che reindirizzavano sempre verso una pagina di errore (i motori leggevano solo quella...). Tolta la redirect e ottimizzato le pagine in maniera normale non ho trovato alcuna difficoltà a far indicizzare il tutto. Ho creato però anche una pagina statica da cui partivano link verso le pagine dinamiche. Tutto nella norma e i risultati si sono avuti subito. E anche soddisfacenti. Quindi un consiglio che ti dò è quello di controllare che non ci siano redirect che indirizzino lo spider verso pagine di errore, e poi ottimizza il tutto come si fà normalmente.
Ciao e buon lavoro