Non sono certo un esperto in fatto di indicizzazione, ma senza dubbio usando i css a dovere ti fai dei guadagni non indifferenti in fatto di banda (e se hai 30k di utenti al giorno sicuramente ne consumi)
Senza contare poi la facilità di aggiornamento che ti offre l'utilizzo dei css (aggiornamenti soprattutto in fatto di grafica)
Un codice pulito facilità anche l'usabilià del sito ad utenti che sono costretti all'uso di apparecchi che leggono, appunto, il codice per navigare

Da qualche parte poi si diceva che un codice più 'leggibile' (quello di un sito che usa i css sicuramente lo è) è anche più digeribile ai motori, tuttavia non credo ci sia questa grossa differenza.. perlomeno per google

Regards.