una query unica di certo è + performante. Se la query finale viene incasinata ti consiglio di utilizzare qualke trucco lato php, cioè spezza la query in più righe indentandola ma assegni alla fine tutto il contenuto ad una sola variabile che conterrà la query finale

non so' se mi sono spiegato, cmq il segreto è sempre quello di indentare bene il codice e scomporlo su più righe