Certo perchè le operazioni che fai all'interno del metodo istanziano un nuovo oggetto top. Se vuoi che ogni String che passi al metodo venga aggiunta ad un unico albero devi dichiarare quest'ultimo come variabile d'istanza ovvero fuori dal metodo (come avrai fatto in una parte del codice che non hai postato) e aggiungere i nodi sempre a questo.
Inoltre net (dal codice che vedo) dovrebbe avere visibilità limitata al metodo createNode quindi non deve essere dichiarato fuori dal metodo.
In pratica:

codice:
public void createNode(String stringa) {
	StringTokenizer tokenizza = new StringTokenizer(stringa);
	//NON SERVE + O SBAGLIO?!?
	//DefaultMutableTreeNode[] nodo = new DefaultMutableTreeNode[tokenizza.countTokens()];
	//questa riga è DA ELIMINARE
	//top = new DefaultMutableTreeNode("NetWork");
	//applica questo metodo fuori una volta per tutte
	//top.isRoot();
	DefaultMutableTreeNode net = new DefaultMutableTreeNode (tokenizza.nextToken());
	top.add(net);
	while (tokenizza.hasMoreTokens()) {
		net.add(new DefaultMutableTreeNode(tokenizza.nextToken()));
	}
}