Con i checkbox si può procedere in due modi diversi.

1. dai a tutte le checkbox presenti lo stesso valore per l'attributo name.
Quando analizzi la richiesta cerchi un parametro con quel nome, i valori associati al parametro saranno tutti i campi value dei chechbox checked dal visitatore della tua pagina.
Non vedrai i campi non checked.

2. se è indispensabile usare nomi diversi per le checkbox usi request.getParameterNames() per ottenere tutti i nomi dei parametri della richiesta.
Per ogni parametro prelevi il suo valore come hai sempre fatto (request.getParameter(nomeParametro)).
I nomi dei parametri ottenuti dal metodo request.getParameterNames() sono gli attributi name dei soli checkbox checked.

La soluzione ottimale dipende da quello che ti serve. Io nel 90% dei casi ho usato la prima.