Devi fare delle condizioni:

if(!$empty($campo_form))
//se il campo non è vuoto
{
$update_var = "campo_db='$campo_form'";
$modifiche = 1;//serve per capire se ci va o meno la virgola
}

if(!$empty($campo_form2))
//se il secondo campo non è vuoto
{
if($modifiche == 1)
{
$update_var2 = ", campo_db2='$campo_form2'";
}
else
{
$update_var2 = ", campo_db2='$campo_form2'";
}
$modifiche = 1;
}