il primo parametro tra le /// e` una RegExp.

Quindi:

$stringa =~ s/[\,\.\/_ ]//g;

davanti ai caratteri speciali, devi mettere la backslash, davanti ai caratteri alfanumerici no.
Alcuni caratteri sono da scrivere con una sequenza particolare:
newline: \n
return: \r
...

Vedi il manuale perlre per i dettagli.