tra diversi sistemi operativi non ci sono differenze, nel senso che il codice per gestire MySQL sotto windows è uguale a quello linux.

Ovviamente ci sono differenze tra i vari database, non nel codice perl, ma nelle stringhe SQL da passare e nei risltati.

Perl gestisce magnificamente quasi tutti i database e lo fa su una struttura a tre livelli:

lo script di gestione
il modulo DBI
i modulu DBD::<nome database>

l'argomento è complesso ma molto interessante.

Trovi articoli su una rivista linux (non mi ricordo quale) di questi mesi e sul libro "Perl e DBI".