Beh, il metodo più semplice che mi viene in mente è leggere tutto il file di testo riga per riga e costruirti un bell'array associativo costituito dalle coppie chiave=>valore dove ogni coppia rappresenta una riga del tuo file. In altre parole intendo un array fatto così:
codice:
$config_file["valore_a"]=0;
$config_file["valore_b"]=0;
$config_file["valore_c"]="ON";
Una volta che hai l'array in memoria puoi gestire comodamente tutte le modifiche alle varie opzioni; concluse le modifiche non fai altro che fare l'operazione inversa di quella iniziale, ovvero riversare di nuovo il contenuto dell'array nel file di configurazione, riga per riga.

Non è una soluzione proprio efficente, però è semplice e funzionale.