Vorrei capire il problema innanzitutto.
In secondo luogo non é php che genera problemi con html css o js
però se scrivi codice html sbagliato e lo includi all'interno di
funzioni PHP può capitare che hai qualche effetto collaterale.
Però devi controllare che non dipende da PHP ma sempre da errori
di dimenticanza un tag aperto e non chiuso ecc.
Quel tipo di controllo io lo uso in js con PHP e qando ho avuto problemi erano sempre errori miei nello scriver male qualche riga di
codice Js.
Per debuggare sviluppa le cose in piccoli file separati e poi qunado ogni blocco é completo metti tutto assieme.