sì hai più che ragione, ma ti spiego: lavoricchio d'estate per un'azienda che aveva un server cobalt [conosci?] un bel pò vekkiotto. Visto che si stà rilanciando nel web hanno comprato un bel serverotto.
Gli ho installato e configurato il suo bel apache, mysql e php5 ultimo grido e fin qui tutto ok.. ma il cobalt (www.cobalt.com) aveva un servizio via web che ti permetteva di aprire nuovi siti web (abilitava l'apache e l'ftp per il nuovo sito web).
Questo servizio lo trovavano molto comodo visto che il commerciale attivava i nuovi siti direttamente senza passare per i tecnici stracarichi di lavoro
Per questo volevo fare qualcosa di simile! Modificare l'http.conf non è un problema.. il problema è arrivare sul disco via php
non è che nella directory dove metto lo script posso dare la direttiva sull'http.conf:

root = /dove/sta/http.conf

o qualcosa di simile!
Tanto dopo la proteggo con un .htaccess e modulo ssl