Credo non sia sufficiente indicare solo quella riga nel
file, dovresti gestire anche gli argomenti passati
allo script (start | stop | ...).

Esempio:
file ipotetico /etc/init.d/prova
codice:
#!/bin/bash
case "$1" in
  start)
        echo "start"
        ;;
  stop)
        echo "stop"
        ;;
  *)
        echo $"Usage: $0 {start|stop|}"
        exit 1
esac
exit 0
In /etc/rc3.d crei un collegamento simbolico
chiamandolo per esempio S99prova

Ciao.