A parte la struttura più solida, con la prima - a tabelle separate -sai bene quali sono i livelli in cui sei (settore - categoria - sezione etc.), con la seconda - unico tabellone - a parte il settore (parent id -1) non potrai riconoscere il livello in cui sei (categoria o sezione, o sottosezione e così via) a meno di seguire il percorso dell'alberto fino alla radice e contarne i livelli.

Per un sito di ecommerce votato a sezioni così e per una maggiore stabilità, io opto per la prima.


PS: pare di essere in campagna elettorale.