Posso dirti come ho fatto io: Poichè la mia struttura conteneva delle parti che si ripetevano in ogni pagina ed una sola parte che variava (contenuto) allora ho usato il php per fare una struttura in cui per le parti fisse le richiamo da un file da includere mentre la parte variabile la scrivo in html.

tipo

<?php include "testa.html" ?>

qui ho inserito il codice del contenuto in html

<?php include "coda.html" ?>

Come avrai capito testa.html contiene il codice comune prima del contenuto e coda.html quello dopo.
E comunque dipenda da quello che vuoi fare e che tipo di sito e quali cose puoi usare ecc.

Questo tipo di struttura in generale facilita la accessibilità con i browser non standard(ad esempio per i non vedenti), e dovrebbe anche facilitare la indicizzazione(di questo non sono sicuro), in ogni caso sembra che sia il futuro del web.