Per rendre nascosto un popup.
metodo 1 (non funzionera` nei browser prossimi - es: IE7)
window.open(..., ..., "left=4000,top=4000");

metodo 2 (un po' piu` complesso, se non sai dove e` la madre)
window.open(...); // posizionare che non sporga dalla madre
self.focus();

Per rendere nascosto un iframe, non lo so (forse non si puo`)

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Se sei in un iframe e il div e` nel documento che lo ha aperto:
parent.document.getElementById(...

Se sei in una popup, aperta dalla pagina dove c'e` il div:
window.opener.document.getElementById(...