Windows e' un po' una sega da questo punto di vista.. Le partizioni devono essere create con FDISk del dos e formattate con il comando FORMAT sempre del DOS (questo per win98, nn so come funge con winxp), altrimenti nn va.
Cmq Windows vuole per forza /dev/hda1 come partizione primaria (C: ), altrimenti nn va bene...
Spero di non averti scoraggiato