devi aprire il prompt dei comandi (start -> esegui -> cmd), e recarti nella cartella in cui hai salvato il file .java.

es.
codice:
class Ciao {
   public static void main (String[] args) {
       System.out.println("Il famoso......");
       System.out.println(".....Hello World!!!");
   }
}
Lo salvi in un file chiamato Ciao.java (puoi usare anche il notepad), e apri il dos. Vai nella cartella dove hai salvato il file e digiti javac Ciao.java
dopo che l'ha compilato scrivi java Ciao e il programma ti stamperà quelle due cosette.

Ciao ciao