Nel metodo usato per aprire le popup il secondo parametro serve per specificare il nome della finestra di destinazione... e la regola dice, tradotta,:
se una finestra con quel nome esiste usala, altrimenti creala.

Pertanto e' sufficiente assegnare sempre lo stesso nome... per esempio:

window.open("pagina.htm","unica")
...
window.open("nuova.htm","unica")

ciao