Non puoi forzare la volonta` dell'utente. Sarebbe una prevaricazione che JS non vuole e non puo` permettere.

Se il browser e` IE e le protezioni sono settate basse, puoi fare qualcosa. Ma non si tratta piu` di JS (puo` essere jscript oppure VBscript) - info nel sito di MSDN.

Comunque nel tuo caso ti consiglio di trovare una soluzione diversa (ad esempio lasciare la finestra principale in background con una tua pagina "standard").