Ti posso dire qual'è il metodo che devi seguire per evitare il problema.

Prima di salvare cerchi all'interno della cartella se ci sono file con lo stesso nome.
Se non ce ne sono tutto bene: salva.
Se ce ne sono mostri un msg di errore e le possibilità sono 3:

1) Interrompi l'upload
2) Fai rinominare manualmente il file all'utente
3) Fai rinominare automaticamente il file allo script (tipo file 1, file 2, file 3)