Premesso che nemmeno io conosco bene la materia, dividerei le due cose:
- un dominio del tipo nomedominio.pisa.it dovrebbe (ed io penso così) essere fortemente avvantaggiato dai motori per una ricerca con la key pisa.
- un dominio del tipo comune_di_pisa.it (o provincia_di_pisa.it) credo sia una cosa ben diversa e di pertinenza esclusiva a detti Enti; penso che i motori possano dare decisamente più peso a siti che usano questi termini ma nel caso che la key "comune" o "provincia" sia presente nella richiesta dell'utente.

...sono però consapevole di aver espresso opinioni sul filo del ...fagiano