se intendi dire che delle pagine html all'interno di cgi-bin non vengono lette se le chiami dal browser, ciò è perfettamente normale, infatti nella cgi-bin vanno messi solo gli eseguibili e i file da leggere tramite sistema (con funzioni di tipo open) e non dall'esterno tramite browser.

Le pagine vanno messe nella directory giusta che in httpd.conf è la Document root.