Io uso questo metodo (se devo pubblicare un .swf in una pagina .htm o .html che non contiene altri elementi) in imposta pubblicazione vado su HTML e imposto:
Modello: Solo Flash
Dimensioni: Percentuale
Larghezza: 100 Altezza:100
Modalità finestra: Finestra
Allineamento HTML: Predefinito
Scala: Nessuna scala
Allineamento Flash: Orizzontale Centra
Verticale Centra

E poi pubblico

Così posso assicurare che il file .swf è sempre al centro