C'è un errore quando crei l'array... in pratica vai a creare un array che contiene UN SOLO elemento, una stringa lunghissima.

codice:
$loop="";
while ($line=mysql_fetch_array($result, MYSQL_ASSOC))
{
    $uhu=strpos($line[Supported], $cell);
    if ($uhu===false)
    {
    }
    else
    {
        $i++;
        $loop.="<a href=/$line[File]>$line[Name]</a>
";
    }
}
$loop.="";
$codici=array($loop); // <---------- qui crei un array con 1 solo elemento
Dovresti fare più o meno così:

Codice PHP:
$codici = array(); // lo inizializzi vuoto
while ($line=mysql_fetch_array($resultMYSQL_ASSOC))
{
    
$uhu strpos($line[Supported], $cell);
    if (
$uhu === false)
    {
    }
    else
    {
        
$i++;

        
// si fa così per accodare un elemento in fondo ad un vettore
        // e incrementare quindi la sua lunghezza, oppure usi 
        // array_push() che è uguale
        
$codici[] = "<a href=/$line[File]>$line[Name]</a>
"
;
    }