Ciao,

Perl cerca i moduli nelle directory inserite nell'array globale @INC. Se la directory dove sta la directory DIR non è tra queste, puoi aggiungerla in molti modi, il più semplice è scrivere nello script:

#!/usr/bin/perl

use lib "/path assoluto directory dove sta DIR";
use DIR::MODULE;

per quanto riguarda "use Fcntl" dipende dove ne viene fatto uso, se lo usi nel modulo lo devi inserire li, altrimenti nello script.