ok, prova con queste modifiche:

codice:
function myF() {
 var annoInizio=2004;
 var giorni=0;
 var aPartireDal=null;
 var oggi=new Date();
 var dataOggi=new Date(oggi.getFullYear(), oggi.getMonth()+1, oggi.getDate());
 if (oggi.getFullYear()==annoInizio) aPartireDal=new Date(2004, 9, 1);
 else aPartireDal=new Date(oggi.getFullYear(), 1, 1);
 giorni=Math.round(((dataOggi-aPartireDal)/86400000)+1);
 alert("Oggi dovrai pubblicare il numero "+giorni+", anno "+((oggi.getFullYear()-annoInizio+1))+".");
}
cambia la data del tuo sistema operativo per provare lo script.