Attualmente la struttura della tabella consente di inserire una sola riga per ogni id.
Per ovviare cio'devi aggiungere un campo che farà si che potrai inserire più di una riga per un id.
Ad esempio puoi aggiungere un campo numerico chiamato riga.

Prima di inserire una nuova riga cerchi qual'è l'ultima che è stata inserita per l'id. Se non viene trovato nessun dato allora il numero di riga è 1 altrimenti incrementi di uno il valore trovato.

La query potrebbe essere fatta cosi....

$query1 = "select max(riga) + 1 as nuovariga from tabella where id='$var_che_contiene_id'";
$res1 = mysql_query($query1);
list($nuova_riga) = mysql_fetch_array($res1);

e dopo puoi usare la tua query di inserimento.