Ho risolto, nei file nascosti di configurazione di kde c'erano delle indicazioni sull'integrazione tra le applicazioni in gtk e kde (praticamente il contrario di quello che volevo io) però ha funzionato lo stesso: ho deselezionato "applica i colori alle applicazioni non kde" dal centro di controllo >>aspetto e temi>>colori. In questo modo non ho neanche dovuto cambiare le impostazioni relative alle dimensioni dei caratteri.
Ciao