il number_format lo devi utilizzare solo al momento di stampare il dato. Php considera il punto ccome divisore dei decimali, comunque.

In altre parole visualizzi come vuoi con number format, esattamente come fai in mysql con date_format e la data. Tieni presente che per php diventa una stringa.

Quindi tutte le operazioni vanno eseguite con il punto come divisore decimale.