usa

foreach (glob("*.php") as $file) {
$fl = fopen($file,"r+");
fwrite($fl,"<?php include 'func.php'; ?>".str_replace("mysql_query","do_query",fread($fl ,filesize($file)))."<?php echo "Query fatte: \$do_query");
}
$fl = fopen("func.php","w");
fwrite($fl,'<?php
global $do_query
function do_query($query,$db) {
global $do_query;
$result = mysql_query($query,$db);
if ($result) $do_query++;
return $result;
}
?>');

(l'ho creato sul momento quindi potrebbe non essere correttissimo)