Sempicemente perchè non puoi modificare un array aggiungendo e rimuovendo elementi come fa la explode MENTRE stai facendo un ciclo su di esso...

Codice PHP:
$frase="Questo è un test\ndi funzionamento."
$righe explode("\n"$frase);

for (
$z=1;$z<sizeof($righe);$z++)
{
array_merge($parole,explode(" "$righe[$z]));
}

//ora le stampo
for ($key=1;$key<sizeof($parole);$key++)
{
echo 
$parole[$key];