Il box lo posizioni con i css così:

#box {
position: relative;
margin: auto;
width: 635px;
height: 630px;
background-image: url("grafica.jpg");
}

Il layer2 ad esempio lo posizioni così:

#layer2 {
position: absolute;
top: 265px;
left: 200px; /* o quello che preferisci */
width: 419px;
height: 271px;
...
}

E cosi via per gli altri layer il posizionamento è riferito al div "box" che è in posizione relativa.

HTML:
<body>
<div id="box">
<div id="layer2"></div>
...
</div>
</body>