allora gli ho dato un'occhiata con mozilla firefox
non vedo molte differenze a parte il banner che non si ridimensiona (potrebbe essere un errore del js)
tra l'altro hai alcuni errori di javascript, ti consiglio di dare un occhiata.
anche i css hanno qualche errore.

il problema del disallineamento probabilmente dipende da come hai progettato il sito non tanto dal fatto che i tag siano validi o meno,può essere più una questione di dimensionamento che altro.

ti consiglio di non mettere il simbolino del W3C sul HTML4
dal momento che scrivi "sito ottimizzato per Explorer a risoluzione ecc.. ecc.." è una contraddizione