if ($_POST['confirm']!="yes"){
echo "<form name=\"confirm\" method=\"post\" action=\"elimina_banner.php\">
<input name=\"yes\" type=\"submit\" id=\"yes\" value=\"Invia\"></form>";
exit; //così non viene eseguito il resto
}

mysql_query("DELETE FROM $_GET[zona] WHERE id='$_GET[codice]'"); // eseguito se $_POST['confirm']=="yes"

non mi funzia ho capito male quello che volevi dirmi?