if ($_POST['confirm']!="yes"){
echo "<form method=\"post\" action=\"$_SERVER[PHP_SELF]\">
<input name=\"confirm\" type=\"submit\" id=\"yes\" value=\"yes\"></form>";
exit; //così non viene eseguito il resto
}

mysql_query("DELETE FROM $_GET[zona] WHERE id='$_GET[codice]'"); // eseguito se $_POST['confirm']=="yes"

Scusa, ho dato per scontato che avessi capito bene tutto