ho fatto una piccola ricerca, e questa sembra essere la soluzione. praticamente con un file .htaccess così strutturato blocchi tutti i files tranne quelli con estensione swf. fammi sapere se funziona...
codice:
<Files ~ ".+">
Order allow,deny
Deny from all
Satisfy All
</Files> 
<Files ~ "\.(swf)$">
Order allow,deny
Allow from all
Satisfy All
</Files>