questa è la pagina che ho usato per testare quel codice:

<html>

<head>

<title>pagina che testa una funzione</title>

</head>

<body>

<?php

$sezione="CiAo";
$sezioneLOWER=strtolower($sezione);
if ($sezioneLOWER=="ciao") {echo "ciao";}

?>
</body>
</html>


e il risultato è che mi stampa a video
"ciao"
tutto minuscolo, quindi quel codice è corretto.

cmq io cambierei l'ultima riga del tuo script.
ora come ora è:

if ($sezioneLOWER=="ciao") {echo "ciao";}

il che significa che fa prima un controllo, e poi una stampa.

io la cambierei con questa:

echo "$sezioneLOWER";

che è una funzione che fa direttamente la stampa (fa una cosa in meno in pratica), e il risultato è lo stesso...